Banisadr werd in 1980 de eerste president van het land na de islamitische revolutie in 1979. Hij bleef een jaar aan, totdat hij werd afgezet na een conflict met een bondgenoot van ayatollah Ruhollah Khomeini, de hoogste leider in Iran na de revolutie. Banisadr wist het land te ontvluchten en leefde sindsdien in ballingschap in Frankrijk.

Na het afzetten van Banisadr veranderde Iran van een autoritaire democratie, waar geestelijken geen president konden worden, in een theocratie. De macht lag nu bijna volledig bij Khomeini en de presidenten na Banisadr waren vaak bondgenoten van de ayatollah.

„Hij verdedigde vrijheid tegen nieuwe tirannen en hij streed tegen onderdrukking door geestelijken”, schrijft de familie van Banisadr bij een bericht over zijn overlijden. Daarmee doelen ze op de strijd tussen Banisadr en de islamitische geestelijken die de macht van hem overnamen in Iran.

Voordat de voormalige president en de ayatollah onenigheid kregen, waren ze bondgenoten van elkaar. Tijdens de heerschappij van sjah Mohammed Reza Pahlavi leefden ze allebei in ballingschap en verenigden ze zich in een oppositie tegen de leider van Iran. In een interview in 2019 zei Banisadr dat Khomeini alle waarden van de revolutie had verwaarloosd. Hij had gedacht dat de revolutie zou leiden tot een welvarende democratie.