Wanneer het RIVM uitspraken doet over stikstofgevoelige natuur, telt het alleen beschermde Natura 2000-gebieden op land mee, omdat daar flora en fauna voorkomen die last kunnen hebben van te veel stikstof, bevestigt een woordvoerder van het instituut. Het RIVM blijft er daarom bij dat de zogeheten depositie van stikstof in de natuur die daar schade van kan ondervinden, voor circa 45 procent wordt veroorzaakt door de landbouw.

De onderzoekers die door het Mesdag Zuivelfonds zijn ingeschakeld, deden over de juistheid van dat cijfer geen uitspraken. Ze maakten zelf gebruik van de ruwe data van het RIVM. Volgens de nieuwe berekeningen, waarin de wateren dus zijn meegeteld, is de landbouw verantwoordelijk voor zo’n 25 procent van de stikstofdepositie. Verkeer is dan een grotere boosdoener, met 41 procent. Binnen die categorie is scheepvaart bijna even schadelijk als wegverkeer.

Onderzoeker Richard Zijlstra, die de berekeningen uitvoerde, erkent dat het wel of niet meetellen van de grote wateroppervlakken verschillen in uitkomst kan verklaren.

De onderzoekers zijn kritisch over het Adviescollege Stikstofproblematiek, dat in een rapport een grafiek zette waaruit blijkt welk aandeel iedere sector heeft voor de totale stikstofneerslag in Nederland. Volgens onderzoekster Geesje Rotgers had commissievoorzitter Johan Remkes alleen moeten kijken naar Natura 2000-gebieden, omdat het stikstofprobleem daar specifiek om draait.

Voorzitter van het Mesdagfonds Jan Cees Vogelaar vindt dat zowel de commissie-Remkes als de politiek zich ondeskundig heeft getoond. Hij pleitte voor een parlementaire enquête naar de stikstofproblemen. Volgens Vogelaar is nog veel onbekend over de stikstofneerslag. De Universiteit van Amsterdam (UvA) gaat daar in opdracht van het fonds drie jaar onderzoek naar doen.

De modellen van het gezondheidsinstituut RIVM noemt Vogelaar een „virtuele stikstofgame”. „Of het de werkelijkheid benadert, weten we niet.”