Het museum vertelt de geschiedenis van de zestiende-eeuwse Duitse kerkhervormer Maarten Luther en van de lutheranen in Nederland.

Het museum is gevestigd in het voormalige evangelisch-lutherse oude mannen- en vrouwentehuis aan de Nieuwe Keizersgracht in de Amsterdamse binnenstad. Het gebouw –met regentenkamers en kerkzaal– is volgens het museum het „belangrijkste collectiestuk.”

In het Luther Museum Amsterdam zijn onder meer schilderijen, oude Bijbels en avondmaalszilver te zien. De oudste stukken komen uit het begin van de zeventiende eeuw.

In de Damesregentenkamer wordt verteld over de belangrijke rol die vrouwen speelden binnen het huis en de kerk.

In de Kerkzaal vinden regelmatig tentoonstellingen, evenementen en concerten plaats.