Het fonds wordt gevuld door banken. Zij dragen bij elkaar 100 miljoen euro per kwartaal af. Als een bank ooit omvalt, kunnen burgers en bedrijven snel tot 100.000 euro vergoed krijgen uit het fonds. Dat moet voorkomen dat spaarders massaal hun geld gaan opnemen als een bank ooit in de problemen dreigt te komen. Het moet ook voorkomen dat andere banken snel geld moeten vinden om de klanten van een bezwijkende concurrent te helpen.

Alle Nederlandse burgers en bedrijven hebben bij elkaar een bedrag van ongeveer 486 miljard euro gespaard dat wordt gedekt door het garantiefonds.