Daarnaast is Barghouti schuldig bevonden aan poging tot doodslag bij het organiseren van een mislukte aanslag op een winkelcentrum in Jeruzalem en aan lidmaatschap van een terroristische organisatie. Van betrokkenheid bij andere aanslagen met 21 Israëlische doden is Barghouti vrijgesproken.

De rechtbank bepaalt op 6 juni welke straf Barghouti krijgt. De aanklager eiste vijf keer levenslang.

Barghouti weigert de bevoegdheid van de Israëlische rechter te erkennen. Om die reden zal hij volgens zijn advocaat, Jawad Boulos, ook niet in beroep gaan. Barghouti stelt dat hij op onwettige wijze in april 2002 door Israëlische militairen in Ramallah op de Westelijke Jordaanoever gevangen is genomen. Volgens Israël stond hij niet alleen aan het hoofd van de Fatah-beweging op de Westelijke Jordaanoever, maar ook van haar gewapende arm, de al-Aqsa Martelarenbrigades.

„Deze rechtbank is volledig onwettig”, riep Barghouti in het Arabisch toen hij bij het gerechtsgebouw aankwam. Tijdens zijn proces, dat in september werd afgesloten, verdedigde hij fel de Palestijnse opstand. Voorheen was hij een pleitbezorger van vrede met Israël. Ook nu nog meent hij dat er vrede kan komen als Israël zich van de Westoever en uit de Gazastrook terugtrekt. „Geloof geen moment dat u de Palestijnen met geweld kunt overwinnen”, hield hij de Israëliërs voor. „De Palestijnen hebben geen macht, maar zij hebben de gerechtigheid aan hun zijde.”

Ondanks zijn twee jaar in Israëlische gevangenschap wordt hij nog steeds beschouwd als een invloedrijke Palestijnse politieke leider en een potentiële opvolger van Yasser Arafat. Een woordvoerder van de al-Aqsa Martelarenbrigades in de Gazastrook, Abu Qusai, zei dat de groep als Barghouti tot gevangenisstraf wordt veroordeeld, Israëlische soldaten zal kidnappen om hen tegen Barghouti te ruilen.