Jaarlijks bundelt het instituut de gerealiseerde en de voorgenomen uitgaven voor onderzoek en innovatie van de verschillende ministeries. Tot en met 2020 trekken ze op jaarbasis circa 6 miljard euro uit voor R&D. Dit jaar ligt dat bedrag op 6,2 miljard euro.

Afgezet tegen de ontwikkeling van de economie dalen de overheidsuitgaven in de periode 2016-2020 van 0,89 procent naar 0,79 procent van het bpp. Voor de directe onderzoeksuitgaven is dat van 0,7 naar 0,62 procent. Volgens Rathenau loopt daarmee de overheidssteun uit de pas met de ontwikkeling van de economie.

Naast steun vanuit de rijksoverheid zijn in Nederland andere publieke financiële middelen voorhanden. Vanuit de Europese Unie (EU) nam de steun voor R&D en innovatie de afgelopen jaren toe. Naar verwachting blijft dit de komende jaren zo, aldus het instituut. In totaal bedragen deze inkomsten naar schatting 700 tot 800 miljoen euro per jaar.

De middelen op regionaal niveau, ook dit zijn vaak EU-middelen of geld uit de provincie met een ,brede invalshoek"van kennis en innovatie, bedroegen in 2014 ongeveer 250 miljoen euro. In de periode 2015-2018 zullen deze bedragen naar verwachting gelijk blijven.