Ondanks risicomaatregelen vooraf werden BT en ProRail geconfronteerd met een kortstondige uitval van de systemen. Volgens ProRail lag de oorzaak van de storing in het eigen systeem en was die niet te wijten aan BT. De systemen functioneerden daarna weer normaal. Maar op maandagochtend viel onverwacht één van de computersystemen van de verkeersleidingspost Utrecht uit. Het was een computer die verbonden was met het systeem in Nieuwegein dat zondag kortstondig was uitgevallen. Bij de overschakeling naar het back-upsysteem werd de computer zo traag dat een onwerkbare situatie ontstond voor de verkeersleiding, die seinen en wissels niet meer goed kon bedienen.

De eerste conclusie van het onderzoek van ProRail is dat het totale systeem inclusief de back-upsystemen in het weekend een ’tik’ hebben gekregen vanwege de kortstondige uitval. Nader onderzoek moet dat nog bevestigen. ProRail heeft een onafhankelijke partij opdracht gegeven tot dat nadere onderzoek. Het bedrijf benadrukt dat de voorzieningen in het rekencentrum alle dubbel zijn uitgevoerd en voldoen aan de hoogst mogelijke internationaal vereiste standaard. ProRail wil leren van deze storing om soortgelijke problemen in de toekomst te kunnen voorkomen. De spoorbeheerder biedt de reizigers excuses aan voor de overlast maandag.

Medewerkers van NS en ProRail voelden zich maandag ten onrechte al veroordeeld door de politiek, nog voordat de oorzaak van de storing was onderzocht. Dit stelt vakbond FNV Spoor in een dinsdagavond uitgegeven verklaring. „Tweede Kamerleden moeten stoppen met elk incident aangrijpen om hun beklag te doen over NS en ProRail, terwijl ze soms medeverantwoordelijk zijn voor de ontstane problemen.”