Het bedrijf werd in 1903 opgericht door Johan Frederik Wegener. Hij begon toen het nieuws- en advertentieblad ‘Die Nieuwe Courant’ in Apeldoorn. Dit was de latere Apeldoornse Courant, inmiddels de Stentor. In 1904 kwam de eerste journalist in dienst.

Wegener bleef tot 1961 een familiebedrijf. Later, in 1969, maakte de uitgever een gang naar de beurs. Halverwege de jaren zeventig startte Wegener vervolgens een reeks van overnames, waardoor het bedrijf uitgroeide tot een landelijk mediaconcern.

Sinds 2008 maakt Wegener deel uit van de Britse Mecom Groep. De Britten betaalden zo’n 800 miljoen euro voor het bedrijf. Onder leiding van Mecom zag onder meer De Persdienst het levenslicht, een centrale redactie die Wegeners regionale dagbladen van landelijk nieuws voorziet.

De laatste jaren gaat het slechter met de Nederlandse mediamarkt. De inkomsten uit advertenties lopen terug. Bij Wegener verdwenen de afgelopen jaren hierdoor al honderden banen. Mecom zette de kranten van Wegener zelfs in de etalage. Maar later liet het Britse moederbedrijf weten dat deze niet langer te koop stonden, omdat er geen aantrekkelijke prijs voor te krijgen viel.

In juni werd bekend dat Mecom zelf wordt overgenomen, door het Belgische De Persgroep. Die is in Nederland al uitgever van onder meer de Volkskrant, het AD en Trouw. De Belgen tellen zo’n 245 miljoen euro neer voor Mecom. De deal moet nog wel worden goedgekeurd door de mededingingsautoriteiten.