De aanval begon zondagavond, toen inwoners naar het WK voetbal keken. De aanvallers zouden een busje hebben gekaapt en dat hebben gebruikt om op meerdere plekken toe te slaan. Ze zouden lukraak op mensen hebben geschoten. De vuurgevechten duurden uren en de aanvallers staken hotels in brand.

Volgens de Keniaanse krant Standard gooiden de aanvallers explosieven in het plaatselijke politiebureau voordat ze naar binnen gingen en wapens meenamen. Inwoners van Mpeketoni zouden de bossen in zijn gevlucht. Een woordvoerder van het Keniaanse leger zei dat de aanvallers waarschijnlijk van de Somalische terreurgroep al-Shabaab zijn.

De Verenigde Staten en het Verenigd Koninkrijk adviseren landgenoten weg te blijven van de Keniaanse kust. Uit voorzorg heeft Londen het Britse consulaat gesloten in de nabijgelegen havenstad Mombasa.

Mpeketoni, waar vooral christenen wonen, ligt in het district Lamu aan de oostkust van Kenia, niet ver van het toeristische eiland Lamu. De oude stad op het eiland staat op de Werelderfgoedlijst van Unesco en geldt als het oudste en best bewaarde voorbeeld van een Swahili-nederzetting in Oost-Afrika.