Ploeger werkte 34 jaar bij de NS en was van 1979 tot 1992 president-directeur. Kort na zijn vertrek ging de NS over tot verzelfstandiging en opsplitsing. Vooral over het onderbrengen van het spoorbeheer in een apart bedrijf (ProRail) was Ploeger kritisch. In een interview in Trouw in 2001 zei hij daarover: „Als je kijkt naar de resultaten van de hele operatie, wat zijn we ermee opgeschoten? Het zou voor de reiziger allemaal beter worden, dat is dus niet gebleken. Het zou goedkoper worden, daar is ook niets van terechtgekomen.”

Zelf had hij „de tent op orde nagelaten”, zo zei hij in hetzelfde interview. Ploeger werd destijds opgevolgd door Rob den Besten.