De oorlog tussen de Bosnische Kroaten en de Bosnische moslims bereikte in 1993 zijn hoogtepunt, met de vernieling van de wereldberoemde Ottomaanse brug in Mostar en de massaslachting van Ahmici, waar meer dan 100 moslimdorpelingen werden vermoord.

Voorzittend rechter Jean-Claude Antonetti (Frankrijk) schetste een gruwelijk beeld van de misdaden waarvan moslims van 1992 tot 1994 het slachtoffer werden. Het leger van Prlic moordde, martelde, verkrachtte en plunderde op grote schaal. Enkele moslims werden een hele nacht gemarteld voordat zij overleden. Bij een moslim werd een oor afgesneden. De katholieke Kroaten vernederden moslims door hen te dwingen christelijke gebeden uit te spreken. Tijdens gevechten met het door moslims gedomineerde Bosnische regeringsleger van president Alija Izetbegovic werden moslims als menselijk schild gebruikt.

Moslims werden zo verdreven uit Herceg-Bosna. Het doel was in die gebieden voor een Kroatische bevolkingsmeerderheid te zorgen of de moslims helemaal te verdrijven. Sommige moslims werden in hun pyjama hun huis uit gejaagd. Voor dit soort beleid ontstond tijdens de oorlog in Bosnië-Herzegovina de term ‘etnische zuivering’. De leiding van Herceg-Bosna kreeg daarbij niet alleen steun van de regering van de Kroatische president Tudjman. De regering van Kroatië, dat op 1 juli toetreedt tot de EU, „controleerde” het Bosnisch-Kroatische leger terwijl de misdaden werden gepleegd.

Naast Prlic werden vijf andere hoge politieke en militaire leiders van Herceg-Bosna veroordeeld. Zij kregen celstraffen variërend van 10 tot 20 jaar.