Bij gebruik van de shisha-pen komt onder meer propyleenglycol vrij, een stof die ook in sigaretten zit. Als die stof verbrand wordt, kunnen daarbij mogelijk kankerverwekkende stoffen ontstaan. Of dat ook zo is bij de shisha-pen, is nog onduidelijk. Het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) is bezig met een onderzoek naar de mogelijke risico’s bij het gebruik van de pen.

Het Trimbos-instituut vindt, naast de mogelijke gezondheidsrisico’s, het gebruik van de pen ook kwalijk omdat die het roken van een sigaret nabootst. Dampen (met onder meer de smaken cola, aardbei, kersen en perzik) worden ingeademd en daarbij gloeit het topje rood op. Op deze manier wennen jongeren aan de handeling van het roken en aan het inhaleren van stoffen via de mond.

Volgens het Trimbos-instituut, dat zich onder meer bezig houdt met onderzoek naar verslaving, wordt de stap naar het roken van sigaretten hier mogelijk door verkleind. Er zouden signalen zijn dat de pen populair is onder schoolgaande kinderen en jongeren.

Er staat geen officiële minimumleeftijd op het gebruik van de pen. De Nederlandse importeur adviseert om hem niet te verkopen aan mensen jonger dan 16 jaar, maar daar wordt niet op gecontroleerd.