Saenz zwaaide sinds 2002 de scepter bij Santander. Onder zijn bewind verviervoudigde de bank bijna in omvang, onder meer door de overname van onderdelen van de Belgisch-Nederlandse bank en verzekeraar Fortis in 2007.

De positie van Saenz stond al enkele jaren onder druk. Hij werd in 2009 veroordeeld tot een gevangenisstraf wegens het afleggen van valse verklaringen over cliënten van Banesto, in de tijd dat hij nog voor die bank werkte. Hij kreeg echter gratie waardoor hij niet de cel in hoefde.

In 2011 schorste het Spaanse hooggerechtshof Saenz, waardoor hij 3 maanden lang niet als bankier mocht werken. Hij ging echter tegen die straf in beroep en kon in afwachting van de uitspraak wat Santander betreft gewoon op zijn post blijven.