Na zijn vertrek eind 1977 uit de politiek was de jurist Kooijmans 16 jaar hoogleraar volkenrecht in Leiden. Hij raakte vooral bekend als internationaal erkend specialist op het gebied van de mensenrechten.

Als minister dwong hij door zijn deskundigheid, maar ook door zijn ongedwongenheid en gebrek aan politieke ambities binnen en buiten het parlement snel respect af. Zo sprak Kooijmans direct na zijn benoeming op het Binnenhof een groep vrouwen toe die demonstreerde tegen de seksuele oorlogsmisdaden in het voormalige Joegoslavië. De oorlog op de Balkan was voor hem het onderwerp dat bovenaan moest staan op de agenda van het Nederlandse buitenlands beleid.

Naarmate Kooijmans uit hoofde van zijn functie meer opging in de vergadercircuits van de NAVO en Europese Unie groeide zijn cynisme over de onmacht van de internationale gemeenschap om een wezenlijke bijdrage te leveren aan de oplossing van het conflict. Kooijmans schroomde niet van tijd tot tijd zijn hart daarover in het openbaar te luchten. De Britse opstelling noemde hij eens „lamentabel”, wat hem een gepeperde discussie met zijn Engelse collega Hurd zou hebben opgeleverd.

Opvallend was ook dat van de oude vete tussen premier Ruud Lubbers en Van den Broek over de inmenging van de premier in het buitenlands beleid weinig meer te merken was. De samenwerking in de buitenland-driehoek (het CDA op Buitenlandse Zaken, de PvdA op Defensie en Ontwikkelingssamenwerking) ging een stuk vlotter en geruislozer. Niet alleen de regeringspartijen PvdA en CDA, maar ook oppositiepartijen VVD en D66 hadden lof voor Kooijmans’ optreden.

Na zijn ministerschap keerde Kooijmans als hoogleraar volkenrecht in Leiden terug. Van 1 maart 1997 tot 1 maart 2006 was hij rechter aan het Internationaal Gerechtshof in Den Haag. Een jaar na zijn vertrek daar werd hij tot minister van staat benoemd. Koningin Beatrix decoreerde Kooijmans in 2006 met de exclusieve Huisorde van de Gouden Leeuw van Nassau.