Bernlef ziet op 14 januari 1937 in Sint-Pancras bij Alkmaar het levenslicht als Hendrik Jan Marsman. Zijn jeugd brengt hij door in Amsterdam-West en in Haarlem. Hij volgt de HBS, waar Bernlef de schrijvers K. Schippers en G. Brands leert kennen. Zij krijgen Nederlands van schrijver Rob Nieuwenhuys aan wie de vrienden hun liefde voor de literatuur te danken hebben.

Tijdens zijn militaire dienst tussen 1956 en 1958 begint de auteur met publiceren. Hij kiest voor de naam van de blinde middeleeuwse dichter Bernlef en voegt de beginletter van zijn tweede naam toe. Maar vanaf 1977 publiceert de schrijver alleen nog onder Bernlef, zonder J.

De schrijver debuteert officieel in 1960 met de dichtbundel Kokkels en brengt in hetzelfde jaar de verhalenbundel Stenen spoelen uit. In zijn prozadebuut komt het thema al naar voren dat al die jaren de belangrijkste rode draad uit zijn werk blijft: het vergeten en herinneren; de verhouding tussen verbeelding en werkelijkheid.

Bernlef breekt met Hersenschimmen in 1984 definitief door bij het grote publiek. Thema van het boek is, niet verbazingwekkend, het herinneren. Deze succesvolste roman van de schrijver laat een dementerende man in de ik-vorm zijn eigen aftakeling vertellen.

Behalve romans en verhalen heeft Bernlef veel vertalingen, essays, toneelstukken en literaire kritieken op zijn naam staan. Hij vertaalde boeken van Zweedse schrijvers en poëzie van de Amerikaanse Marianne Moore. In zijn essays schrijft hij over zijn fascinaties: literatuur, film, jazz, architectuur, schilderkunst en Laurel & Hardy. De auteur was daarnaast ook werkzaam als literair criticus voor verschillende dag- en weekbladen.

Bernlef is tussen 1958 en 1971 redacteur van het tijdschrift Barbarber, dat hij samen met zijn vrienden K. Schippers en G. Brands opricht. Het blad doorbreekt de grenzen van het literaire door naast letterkundige teksten ook teksten als krantenknipsels te publiceren.

Bernlef krijgt voor zijn werk verschillende prijzen. Na zijn succes van Hersenschimmen krijgt hij in 1984 de Constantijn Huygensprijs voor zijn hele oeuvre. Zijn poëzie wordt in 1994 bekroond met de P.C. Hooftprijs. Voor de twee debuutbundels samen krijgt hij in 1960 de Reina Prinsen Geerligsprijs. Boy uit 1999 was genomineerd voor de Libris Literatuurprijs 2001 en ook zijn laatste boek Buiten is het maandag kreeg in 2004 een nominatie. In 2008 schreef Bernlef het Boekenweekgeschenk: De pianoman.