Op 17 februari 1911 vond de instituering van de gemeente plaats tijdens een kerkdienst waarin consulent ds. H. Janssen uit Leiden voorging. Tijdens de dienst zong de gemeente: „God baande door de woeste baren, en brede stromen ons een pad.” Bij de start telde de gemeente 45 leden.

In 1912 verbond ds. J. van der Vegt zich als eerste predikant aan Rijnsburg. Op 6 maart 1986 werd het 75-jarig bestaan in een kerkdienst herdacht. Deze dienst werd geleid door de toenmalige predikant ds. W. van Sorge. De tekst van de preek was genomen uit 1 Samuël 7:12: „Tot hiertoe heeft de Heere ons geholpen.” Deze tekst staat ook vermeld op de gevelsteen van de kerk: Eben- Haëzer. Onlangs zijn de bijgebouwen van de kerk geheel vernieuwd en vergroot.