1989-1995 Het militaire bewind plaatst Suu Kyi in juli 1989 onder huisarrest. Tien maanden daarvoor was zij een van de oprichters van de Nationale Liga voor de Democratie (NLD), die van Myanmar een democratie wil maken. Bij de parlementsverkiezingen van 1990 behaalt de NLD een grote overwinning, maar de junta negeert het resultaat. Een jaar later wordt aan Suu Kyi de Nobelprijs voor de Vrede toegekend. In 1995 wordt haar huisarrest opgeheven.

2000-2002 In september 2000 wordt Suu Kyi opnieuw onder huisarrest geplaatst. De militairen straffen haar, omdat zij diverse keren het regime heeft getart. Zij probeerde bijvoorbeeld tegen de wil van de junta Yangon te verlaten om met leiders van de NLD samen te komen. In oktober 2000 beginnen onder auspiciën van de Verenigde Naties geheime besprekingen over een ‘nationale verzoening’. Suu Kyi krijgt in haar woning regelmatig bezoek van een contactpersoon tussen haar en het bewind en van leiders van de NLD. In mei 2002 wordt het huisarrest opgeheven.

Sinds 30 mei 2003 Een delegatie van de NLD met Suu Kyi wordt eind 2003 in het noorden van Myanmar vanuit een hinderlaag aangevallen. Volgens de NLD zijn daarbij bijna honderd mensen omgekomen. De actie is het werk van de junta, die beducht is voor de aanhoudende populariteit van de oppositieleidster. Suu Kyi verdwijnt met vele aanhangers in de gevangenis. In september 2003 wordt zij overgebracht naar haar woning in Yangon. Voor de derde keer staat Suu Kyi onder huisarrest.

In mei 2009, kort voor haar verwachte vrijlating, moet Suu Kyi zich voor de rechter verantwoorden, omdat zij een Amerikaan die het meer bij haar huis is overgezwommen, in haar woning heeft toegelaten. Haar huisarrest wordt met achttien maanden verlengd tot 13 november 2010. Dat is bijna een week na de parlementsverkiezingen, waarvan bij voorbaat duidelijk is dat het militaire regime die zal winnen. De NLD boycot de verkiezingen en wordt door de autoriteiten ontbonden.