Voorzitter Willibrord Davids heeft een protocol ondertekend waarin staat hoe de commissie met staatsgeheimen en buitenlandse informatie moet omgaan. Volgens een brede oppositie is dat een beperking van de werkwijze en is dat in tegenspraak met eerdere toezeggingen. Ze verweten Balkenende censuur en spraken van een schertsvertoning.Balkenende betreurde de achterdocht vanuit de Kamer en vond dat dit geen recht doet aan de integriteit van de commissie en haar voorzitter. Volgens de premier is alle informatie, ook de staatsgeheime stukken, beschikbaar voor de commissie. Het gaat er volgens hem om of en hoe deze geheime informatie daarna aan de openbaarheid wordt prijsgegeven. Hij nam „krachtig afstand" van suggesties dat hij of zijn ministers censuur of andere invloed op het rapport zouden uitoefenen.