Uit onderzoek van de Onderwijsinspectie blijkt dat bij de scholen Wonderwijs in Loenen, De Nieuwe School in Culemborg en Iederwijs Hakuna Matata in Horst aan de Maas diverse problemen spelen. Alle drie de scholen laten bijvoorbeeld leerlingen tegen de regels in zelf bepalen wanneer en wat zij willen leren.De scholen krijgen tot het einde van het jaar de tijd om de lessen aan te passen. Als zij in gebreke blijven, dreigt een korting op het geld dat zij van de overheid ontvangen.

Behalve de inhoud van de lessen spelen bij Wonderwijs en de Nieuwe School nog andere problemen. Op de twee scholen liepen de gesubsidieerde basisschool en de gelieerde particuliere middelbare school door elkaar. Wonderwijs en de Nieuwe School hebben deze koppeling inmiddels laten vallen.

Wonderwijs gaat nog wel in de fout door een schoolweek van slechts vier dagen. De Nieuwe School geeft inmiddels weer vijf dagen per week les.

Naast de gesubsidieerde Iederwijsscholen zijn er ook zeven basisscholen met deze lesmethode die geen geld van de overheid ontvangen. Tot nu toe was het moeilijk om hen aan te pakken. Sinds kort is de wet echter aangescherpt. Als scholen buiten de wet treden, voldoen ouders niet langer aan de leerplicht en worden zij op die manier gedwongen hun kinderen naar een school te sturen die zich wel aan de regels houdt.

De eerste Iederwijsschool kreeg in 2006 subsidie. Pas in augustus 2008 kreeg Wonderwijs in Loenen ook overheidsgeld.

In het Iederwijsconcept, het meest omstreden onderwijs in Nederland, bepalen de kinderen zelf waar en wanneer ze wat leren. Om deze reden vroegen CDA en VVD in de Kamer jaren geleden deze „veredelde speeltuinen” te verbieden. Er zijn bij Iederwijs Nederland, de landelijke organisatie van het Iederwijsconcept, nog vijf scholen aangesloten met in totaal circa 120 leerlingen. In 2005 waren er nog zestien formele Iederwijsscholen. Een jaar later publiceerde de inspectie een kritisch rapport, dat leidde tot het sluiten van enkele scholen.