Het gaat om verdwenen dienstplichtige militairen en vrijwilligers die onder generaal Franco in het Spaanse koloniale leger dienden, dat uiteindelijk oprukte naar de Spaanse hoofdstad Madrid. Maar ook over het lot van verdwenen joden, linkse activisten, vrijmetselaars en zeker tienduizend kinderen eist het instituut duidelijkheid.Onlangs heeft een Spaanse rechter bevestigd dat de verdwijningen tijdens de burgeroorlog en het regime van Franco misdaden tegen de menselijkheid zijn en dus niet verjaren. Het Marokkaanse instituut is daarom enkele maanden geleden opgericht door mensenrechtenactivisten en intellectuelen.

Het centrum wil ook gebeurtenissen tijdens de Franse koloniale periode onderzoeken.