Het agentschap adviseert de Europese Commissie welke voeding veilig is voor consumenten, bijvoorbeeld over kleurstoffen, genetisch aangepaste organismen of het gevaar van gekkekoeienziekte BSE.Koëter waarschuwt dat de onafhankelijkheid en kwaliteit van het agentschap in gevaar komen. Hij ziet veel politiek getinte verzoeken van de Europese Commissie, onder meer om het standpunt over genetisch aangepaste organismen te herzien. Koëter meent dat de vele verzoeken om een snel oordeel over voedingsadditieven de kwaliteit van de oordelen in gevaar kan brengen.

Een interne enquête toont dat het personeel zeer ontevreden is. Koëter ziet dat steeds minder wetenschappers nog voor EFSA willen werken.