De synode behandelde op de tweede vergaderdag een aantal agendapunten over de leer en over de actuele situatie van het land. De kerk ziet een grote taak weggelegd voor de overheid om ’s lands burgers meer morele waarden bij te brengen. Vastgesteld werd dat er meer aandacht moet komen voor het feit dat mensen te materialistisch zijn en dat er onvoldoende bereidheid is om armoede in het land te helpen bestrijden.

Er was een voorstel om de regering te vragen de bevolkingsontwikkeling te sturen door kleinere gezinnen te bevorderen. Het voorstel leed schipbreuk. Een groot deel van de synode stelde vast dat, wanneer de regering in dit opzicht regels gaat stellen, de regels wet gaan worden. In stedelijke gebieden worden de gezinnen, ook van niet-blanken, reeds langzaam kleiner. „De kerk kan beter niets adviseren”, zei een van de afgevaardigden, „want wat we willen bereiken, gebeurt reeds vanzelf.”

De synode riep alle kerken op de boodschap zuiver te verkondigen. Arminianisme werd afgewezen, evenals het gebruik van uitdrukkingen als ”geef je hart aan Jezus”.

Vanuit diverse geledingen van de synode werd catechesemateriaal dat de binnen NG-Kerk gangbaar is, onder kritiek gesteld. In de NG-Kerk wordt sterk de nadruk gelegd op het verbond. Vrijwel alle gemeenteleden nemen deel aan het avondmaal. Ook gaan er kinderen aan het avondmaal. Daarover zijn binnen de NG-Kerk wel vragen gesteld, maar die komen later aan de orde. Een reeds eerder ingestelde commissie lijkt het daarover vooralsnog oneens te zijn.

De synode waarschuwde dinsdag tegen bepaalde vormen van duiveluitdrijving. Tegelijkertijd sprak men uit dat er in de gereformeerde praktijk soms te weinig aandacht is voor dit onderwerp. Vastgesteld werd dat er nog gestudeerd dient te worden op de invloed van charismatische groepen op leden van de NG-Kerk.

Op de agenda van de NG-synode stond ook de kwestie van het schriftgezag. Een van de besluiten luidde dat de Schriften geen exacte natuurkundige of historische informatie verschaffen, maar „ons de kennis bijbrengen die tot verlossing door het geloof in Christus brengt.”

Synodeleden vroegen vervolgens of artikel 5 van de Nederlandse Geloofsbelijdenis nog wel intact bleef. Ook wilden enkelen weten of inzake christelijke ethiek de Bijbel nog normatieve informatie verstrekt. Een eerder ingestelde commissie gaf aan dat de NG-Kerk tussen liberalisme en fundamentalisme een eigen positie kiest, maar tegelijkertijd wars wil zijn van lettergeleerdheid.

De Schriften hebben volgens commissielid prof. dr. Flip Theron (Stellenbosch) wel zeggenschap, „maar de mate ervan hangt mede af van de hermeneutische (uitlegkundige, red.) regels. Ik zou willen waarschuwen, met een beroep op Barth en Noordmans, tegen protestantse scholastiek.”

Een synodelid merkte op dat de kerk in eenvoudigheid terug moet keren naar de gedachte dat iets waar is omdat het in de Bijbel staat. Prof. Theron waarschuwde ervoor dat God als Rechter niet geofferd mag worden op het altaar van het humanisme: „Zijn we God wel eens echt kwijt geraakt? Pas dan worden we echte zoekers.”

Uiteindelijk koos de synode ervoor om expliciet te verwijzen naar de artikelen 5, 6 en 7 van de NGB. In deze besluitvorming klinkt door dat de Bijbel niet op alle plaatsen even letterlijk genomen kan worden.

Felle kritiek kreeg het voorstel om uit te spreken dat de „God die de Joden JHWH noemen en die de moslims als Allah omschrijven, geen andere dan de levende God is, maar dat gehandhaafd moet blijven dat God alleen in Christus recht gediend en gekend kan worden.” Het voorstel kreeg zes amendementen. Zij hadden vrijwel alle de uniciteit van Christus en de enige openbaring van God in Christus als kern. Moderator dr. C. W. Burger verwees het besluit terug naar de commissie.

Verder gaat de NG-Kerk artikel 36 van de NGB voortaan anders verstaan. De synode oordeelde dat van de staat niet meer verwacht kan worden dat zij het rijk van de antichrist vernietigt. Wel mag van de overheid verwacht worden dat zij ruimte schept om Gods eer ook in staatkundig opzicht te zoeken.

Een gevoelig onderwerp is in Zuid-Afrika de kwestie van de grondhervorming. Bezetting van grond door daklozen heeft op kleine schaal plaats. Dat kost grondeigenaren, vanwege de proceskosten, handen vol geld, terwijl er, als ze de zaak winnen, feitelijk nog weinig verandert. De synode ging hierop niet in, maar sprak haar dank uit voor het feit dat de overheid serieus aan een doordachte grondhervorming denkt. Verder gaf de vergadering richtlijnen voor eventuele herverdeling van grond.

Een voorstel om een bepaalde vorm van schuldbelijdenis te doen over de grondproblematiek in Zuid-Afrika haalde het niet. De synode gaf het moderamen wel opdracht met de regering in gesprek te gaan over herverdeling van grond. Aan de gespreksdeelnemers werd als aandachtspunt meegegeven voorzichtig met de herverdeling om te gaan. „Er moet een gezonde, milieuvriendelijke en landbouw-economische grondslag voor het beleid zijn; de grondkwestie mag niet politiek belast worden en er moet een meer doordacht ontwikkelingsplan aan het nieuwe beleid ten grondslag liggen.”