Hij stond tijdens de massamoord op duizenden moslims onder het bevel van de Bosnisch-Servische generaal Krstic. Tijdens en na de val van Srebrenica stonden bepaalde Bosnisch-Servische politie-eenheden onder het commando van het leger.

De inmiddels 42-jarige Borovcanin was in 1995, tijdens de val van de Oost-Bosnische moslimenclave, commandant van een speciale eenheid van de Bosnisch-Servische politie. De aanklacht houdt Borovcanin medeverantwoordelijk voor het doden van moslims op tal van plaatsen, nadat Srebrenica op 11 juli 1995 was gevallen. Hij is aangeklaagd wegens misdaden van ondergeschikten, maar Borovcanin zou ook persoonlijk aanwezig zijn geweest op een massaexecutieplaats.

De eenheden van Borovcanin waren ook gestationeerd rond Potocari. Daar hadden de Nederlandse VN-soldaten van Dutchbat hun hoofdkwartier. Duizenden moslims hadden er na de val van de enclave vergeefs bescherming gezocht. Eenheden onder Borovcanins commando waren er volgens de tribunaal-aanklagers bij betrokken toen de moslimmannen werden gescheiden van de vrouwen en kinderen. Ook zouden ze hebben meegeholpen bij de deportatie van de vrouwen en kinderen.

Behalve de moslims die naar Potocari waren gevlucht, waren er duizenden moslimmannen die door de bossen probeerden naar veilig gebied te vluchten. Duizenden van hen werden beschoten, gevangengenomen en geëxecuteerd. Volgens de aanklacht voerde Borovcanin het commando over eenheden die zich met deze operaties bezighielden.