In oktober viel het vorige college van PvdA, SP, GroenLinks en ChristenUnie over de aanleg van de RijnGouweLijn, een lightrailproject van Gouda naar de kust. PvdA, VVD, CDA en GroenLinks hebben na wekenlang onderhandelen een nieuw college gevormd.Zij zullen meewerken aan het door de provincie gewenste traject van de RijnGouweLijn, maar wel onder strenge voorwaarden. Zo moet er eerst een ringweg rond de stad worden aangelegd waaraan de provincie moet meebetalen. Ook blijft de voorwaarde ”geen oost zonder west” van kracht: de tram tussen Gouda en Leiden komt er alleen als die wordt doorgetrokken naar de kust.

Opvallende punten in het collegeakkoord zijn verder dat een project om medische heroïne te verstrekken niet doorgaat en het aantal coffeeshops terug moet van twaalf naar acht. Ook de koopzondagen in het centrum moeten terug naar veertien per jaar. Supermarkten in het centrum mogen wel iedere zondag open zijn. Nu mogen alle winkels in het centrum iedere zondag open, maar slechts een deel van de winkeliers doet daaraan mee.

Leiden wil weer een centrumfunctie krijgen in de regio. Hoe de partijen dat willen bereiken, is echter nog niet duidelijk. Ook de toekomst van de Oostvlietpolder blijft onzeker. Plannen voor een bedrijventerrein in deze polder liggen bij de Raad van State. Als die besluit dat er geen bedrijven mogen komen, blijft de polder zo veel mogelijk groen.

Voor GroenLinks en PvdA blijven de wethouders uit het oude college zitten. Voor het CDA wordt de huidige fractievoorzitter Jan-Jaap de Haan wethouder. De VVD draagt een wethouder van buiten de stad voor: Pieter van Woensel. Hij was tot februari 2007 wethouder in Den Haag en trad daar af wegens budgetoverschrijdingen van de RandstadRail. Als wethouder in Leiden krijgt Van Woensel onder meer de portefeuilles Stedelijke Ontwikkeling, Strategisch Beleid en Dienstverlening.