Dat bleek woensdag tijdens een overleg dat Van Middelkoop en staatssecretaris Cees van der Knaap hadden met de Tweede Kamer over het jaarverslag 2006. De rekenkamer presenteerde gelijktijdig een eigen onderzoek en constateerde bij Defensie zeventien onvolkomenheden, waaronder één ernstige. Dat duidt volgens de Rekenkamer op grote problemen met de sturing en beheersing. Het instituut zal bekijken hoe Defensie hierin verbeteringen kan aanbrengen.Van Middelkoop wilde niets afdoen aan de cijfers van de rekenkamer, maar zei tegelijk dat die andere methoden hanteert dan de accountants van het departement. „Waar de Rekenkamer dertien overschrijdingen vond, meldden de eigen accountants er nul", zei de minister. Hij wees erop dat Defensie al jaren investeert in verbeteringen, maar dat die lastig beklijven. Zelf is hij ook benieuwd naar wat de rekenkamer hierop vindt. De bewindsman beloofde een brief over de methoden van de rapportages en de tussentijdse bevindingen.

Een van de oorzaken van de problemen bij Defensie is volgens Van Middelkoop de opeenvolging van reorganisaties. De omvorming van de krijgsmacht is al in 1989 begonnen en vaak kwamen reorganisaties al over de vorige reorganisatie heen. „Dan betaal je op den duur de tol. Processen stagneren en kennis valt weg".

Staatssecretaris Van der Knaap kreeg kritiek op het project SPEER, een systeem dat de planning en het beheer van materieel en de voorraden moet verbeteren. Het programma moest leiden tot besparingen, maar het is ernstig vertraagd en heeft tot nu toe tot een forse financiële strop geleid. Van der Knaap beloofde de Tweede Kamer binnenkort uitvoerig te informeren hierover.