Door de komst van de hartkliniek en radiotherapie werd het aantal vierkante meters groter en deed het MST een beroep op de bijdrage van het Rijk. Het ziekenhuis heeft tot dusver de vergoeding niet ontvangen, omdat het ministerie een nieuwe financieringsmethodiek toepast.Met de komst van het nieuwe zorgstelsel dienen ziekenhuizen zelf de investeringen in gebouwen te regelen met zorgverzekeraars. Het ziekenhuis krijgt van de verzekeraar een vergoeding op basis van Diagnose Behandel Combinaties. DBC houdt in dat de zorgverzekeraar per ziektegeval een totaalbedrag betaalt aan de zorgverlener. In die vergoeding is ook een bedrag voor onderhoud en afschrijving van gebouwen inbegrepen.

Volgens het MST gold nog de oude financieringsmethodiek van het ministerie toen de hartkliniek werd gebouwd.