De wet staat het leger en de CIA ook toe om indien nodig „harde ondervragingsmethoden” toe te passen bij terreurverdachten. Wat harde ondervragingsmethoden zijn, wordt bepaald door de president en het is niet nodig dat deze informatie openbaar wordt gemaakt. Dat heeft de nodige kritiek uitgelokt van burgerrechtenorganisaties zoals de ACLU (American Civil Liberties Union) en van sommige politici. De wet schrapt bij de berechting van verdachten ook sommige rechten die gewone verdachten wel genieten in het Amerikaanse rechtssysteem.Reden genoeg voor Democratisch senator Russ Feingold om de ondertekening van de wet te kwalificeren als een „smet op onze rechtstradities.” Volgens president Bush is de wet echter een noodzakelijk instrument „in onze strijd tegen de terreur.” Sommige critici verwachten dat de wet tezijnertijd ter toetsing met de grondwet bij het hooggerechtshof zal belanden.