De tweede man van al-Qaida, Ayman al-Zawahiri, waarschuwde dat Israël en de golfstaten de volgende doelen kunnen zijn van zijn organisatie. Dat deed hij op een video die twee weken geleden ter gelegenheid van 11 september werd vrijgegeven. Verondersteld wordt dat Al-Zawahiri de leiding van de terreurbeweging heeft overgenomen, nadat Bin Laden door ziekte was geveld.Al-Zawahiri wil dat al-Qaida meer terreuraanslagen gaat plegen in het Midden-Oosten. Bin Laden daarentegen zou meer voelen voor aanslagen in Amerika en Europa.

Al-Zawahiri heeft er ook voor gezorgd dat er al-Qaidacellen werden opgericht in de Sinaïwoestijn. Hij maakte daarbij gebruik van de economisch zwakke bedoeïen. Hij is zelf van Egyptische origine en liet in 1998 zijn Egyptische Islamitische Jihad opgaan in al-Qaida.