Een van de bommen explodeerde voor een moskee, waar duizenden mensen waren samengekomen voor het middaggebed. Een andere bom ontplofte op een islamitische begraafplaats in de West-Indiase stad. De ontploffingen volgden nadat premier Manmohan Singh had gewaarschuwd voor dreigende aanslagen op economische en religieuze doelen en mogelijk nucleaire installaties.De explosieven die werden gebruikt, waren vastgemaakt aan fietsen. De politie zei dat de aanslag waarschijnlijk is gepleegd om paniek te veroorzaken, waardoor hindoes en moslims met elkaar op de vuist zouden gaan. Premier Vilasrao Desmukh van Maharashtra sprak van een daad van terreur.

De autoriteiten van de staat Maharashtra hebben een uitgaansverbod afgekondigd en de veiligheidstroepen in verhoogde staat van paraatheid gebracht, om eventuele onlusten tussen hindoes en moslims meteen de kop in te kunnen drukken. De sfeer in de door moslims gedomineerde stad was na de aanslagen gespannen. Groepen woedende mensen schreeuwden leuzen tegen de autoriteiten.

De Indiase autoriteiten zijn al lange tijd in hogere staat van paraatheid na een serie bomaanslagen in juli in Bombay. Daarbij kwamen 186 mensen om het leven. De aanslagen werden toegeschreven aan islamistische groepen met banden met Pakistaanse militanten.

Malegaon is vaker het toneel geweest van geweld tussen moslims en hindoes. In mei ontdekte de politie er nog een opslagplaats met explosieven en automatische wapens. Kort na de aanslagen van 11 september 2001 in de Verenigde Staten kostten rellen in de stad twaalf mensen het leven.