Bij de parlementsverkiezingen voerde hij het linkse blok aan, omdat hij de voorverkiezingen overtuigend won. Ongeveer drie miljoen Italianen spraken zich in oktober 2005 uit over de kandidaten voor het leiderschap van links: ruim 70 procent stemde voor Prodi.Onder zijn voorzitterschap van de Europese Commissie verruilden twaalf lidstaten van de Europese Unie hun munt voor de euro. Ook werd de unie met tien landen uitgebreid. Toen Prodi in maart 1999 werd aangewezen tot nieuwe voorzitter, twijfelde bijna niemand eraan dat hij geknipt was voor die functie. De ex–hoogleraar economie had wel voor hetere vuren gestaan.

Als premier van Italië was de partijloze Prodi er immers in geslaagd zijn land klaar te stomen voor de Economische en Monetaire Unie. Italië kende bij Prodi’s aantreden in 1996 de hoogste staatsschuld van de Europese Unie en het begrotingsbeleid hing van de boekhoudkundige trucs aan elkaar.

Bovendien moest Prodi de klus zien te klaren met zijn uiterst instabiel ogende Olijfboom–coalitie, waarvan naast christendemocraten ook onder meer ex–communisten deel uitmaakten. Maar het lukte Prodi niet alleen dit bonte gezelschap meer dan twee jaar bijeen te houden (bijna een Italiaans naoorlogs record), hij voerde ook drastische bezuinigingen door, waardoor Italië toch de euro kon invoeren.

De politieke krachtfiguur Prodi leek daarom de aangewezen man om het door fraudeaffaires geschonden blazoen van de Europese Commissie op te poetsen. Nadat Prodi en zijn ploeg in september 1999 de voortijdig opgestapte commissie–Santer officieel waren opgevolgd, bleek de Italiaan zijn daadkrachtige reputatie niet echt te kunnen waarmaken.

In de Brusselse wandelgangen heette het al snel dat hij te weinig leiding gaf aan zijn medecommissarissen en dat hij het noodzakelijke overwicht miste om besluiten door te drukken. De Franse president Chirac noemde de commissievoorzitter tijdens de EU–top in Nice in december 2000 schamper „een kleine ambtenaar".

Ook aan de presentatie van de Italiaan schortte het nogal. Het Engels van de voormalige Harvard–docent bleek niet om aan te horen en zijn Frans was zo mogelijk nog beroerder. Binnen de Europese Unie werd er dan ook nauwelijks gepleit voor een tweede ambtstermijn voor Prodi, ook al omdat hij een terugkeer naar de Italiaanse politiek niet uitsloot.

Prodi deed zijn eerste politieke ervaring eind jaren zeventig op als minister van Industrie. Hij keerde snel terug naar zijn hoogleraarszetel in Bologna. In 1982 werd Prodi naar Rome teruggeroepen om het reusachtige staatsconcern Instituut voor de Industriële Wederopbouw (IRI) te leiden, dat in financiële problemen was geraakt. Zijn saneringen stuitten op verzet van politici die gewend waren baantjes bij IRI–bedrijven aan hun achterban uit te delen. In 1989 zetten de politici hem aan de kant. Prodi toonde zich zelfbewust: „Wie zoals ik zeven jaar het IRI heeft geleid, kan in het leven alles aan".