El Al wordt algemeen beschouwd als de best beveiligde luchtvaartmaatschappij ter wereld. De stringente veiligheidsmaatregelen waarmee het bedrijf die reputatie heeft verdiend, zijn ingesteld omdat El Al ook de meest bedreigde is van alle luchtvaartmaatschappijen. Vanaf de jaren ’60 tot halverwege de jaren ’80 zijn vliegtuigen en passagiers van El Al het doelwit geweest van schietpartijen, kapingen en pogingen tot bomaanslagen.

Om het risico tot een minimum te beperken stationeert El Al gewapende bewakers bij de incheckbalies en in de vliegtuigen en wordt de bagage zeer zorgvuldig nagekeken. Aan de passagiers wordt verzocht vanwege de tijdrovende controles drie uur van tevoren aanwezig te zijn. Het was een bewaker van El Al die de schutter in Los Angeles uitschakelde.

Israëls expertise op het gebied van luchtvaartbeveiliging is in de Verenigde Staten veelgevraagd, zeker sinds de aanslagen van 11 september. De meeste Israëliërs die met deze knowhow de boer op gaan hebben in het Israëlische leger of bij de veiligheidsdiensten gezeten.

De eerste en laatste keer dat een vliegtuig van El Al werd gekaapt was in juli 1968. Leden van het Volksfront voor de Bevrijding van Palestina maakten zich toen meester van een in Rome opgestegen vliegtuig en dwongen het in Algiers te landen. Passagiers en bemanning werden daar gegijzeld gehouden en het duurde tot december voor de laatsten vrijkwamen.

Een volgende poging tot kaping in september 1970 faalde toen meereizende bewakers een van de kapers doodschoten en de andere gevangen namen. Daarna kaapten Palestijnse groepen alleen nog vliegtuigen van andere maatschappijen die op Israël vlogen. Daaronder was een Frans toestel dat in juni 1976 aan de grond werd gezet in Entebbe in Oeganda. Israëlische commando’s voerden daar vervolgens een geslaagde, spectaculaire reddingsoperatie uit.

De strenge veiligheidsmaatregelen hebben ook pogingen voorkomen om bommen aan boord van El Al-toestellen te plaatsen. In april 1986 stopte de Jordaniër Nezar Hindawi een bom in de handbagage van zijn zwangere Ierse vriendin toen zij op het punt stond aan boord te gaan van een El Al-vliegtuig op de Londense luchthaven Heathrow. De bom werd ontdekt door veiligheidsmensen van de luchtvaartmaatschappij. Hindawi kreeg 45 jaar gevangenisstraf en Groot-Brittannië verbrak de betrekkingen met Syrië, dat het verantwoordelijk hield voor de aanslagpoging.

Het zijn schietpartijen zoals die van donderdag in Los Angeles die voor El Al het moeilijkst te voorkomen zijn. In mei 1972 vlogen drie leden van het Japanse Rode Leger naar Tel Aviv en begonnen daar in de aankomsthal met automatische wapens om zich heen te schieten. Er vielen 24 doden, merendeels bedevaartgangers uit Puerto Rico. Twee van de aanvallers werden gedood en de derde gearresteerd. Op de luchthaven werden nieuwe veiligheidsmaatregelen ingevoerd.

In december 1985 pleegden Palestijnen aanvallen met mitrailleurs en handgranaten bij de balies van El Al. In 1968 en 1969 hadden Palestijnen ook al geschoten op vliegtuigen van El Al in Athene en Zürich. In Athene werd daarbij een passagier gedood en in Zürich een leerling-piloot. In Zürich sprong bewaker Mordechai Rachanin uit het toestel en schoot een van de aanvallers dood.