De Bosnische Serviër wordt medeverantwoordelijk gehouden voor de deportatie van zeker 20.000 mensen uit zijn woonplaats en de dood van minstens 1500 anderen in de periode van april tot en met september 1992.Zelfs na de oorlog (1992–1995) ging de arts van professie door met het aanzetten tot etnisch geweld van Bosnische Serviërs tegen Kroaten en moslims. Volgens de internationale troepenmacht IFOR, die tussen december 1995 en december 1996 in Bosnië was gestationeerd, organiseerde Stakic onder meer criminele aanvallen op minderheden en zette hij via radiopraatjes mensen aan tot gewelddadige incidenten.

Volgens de mensenrechtenorganisatie Human Rights Watch bestaan er sterke aanwijzingen dat er in oktober 1996 op instigatie van Stakic tientallen huizen van verdreven Bosnische moslims werden opgeblazen. De vluchtelingen hadden via de VN te kennen gegeven hun huizen te willen bezoeken. Ook gingen er twee moskeeën de lucht in.

Tijdens de oorlog stak Stakic ook niet onder stoelen of banken dat moslims en Kroaten verdreven moesten worden. Zelfs het bestaan van de beruchte kampen Omarska, Keraterm en Trnopolje verbloemde hij niet. In een interview omschreef hij ze als „een noodzaak op dit moment". Hij bevestigde in hetzelfde gesprek dat ze opgezet waren „in overeenstemming met een beslissing van de burgerautoriteiten in Prijedor". Als voorzitter van de lokale crisisstaf was Stakic in het voorjaar van 1992 de hoogste civiele bestuurder in Prijedor.

„Toen dokter Stakic handelde, geloofde hij vrijwel zeker niet dat hij ooit terecht zou staan, schuldig zou worden bevonden en veroordeeld zou worden", stelden de rechters van het Joegoslavië–Tribunaal eind juli 2003 in hun vonnis in eerste aanleg. Ze legden hem toen levenslang op wegens uitroeiing, moord, vervolging en deportaties. De op 19 januari 1962 in Maricka, Bosnië–Herzegovina, geboren Stakic had zich schuldig gemaakt aan misdaden tegen de menselijkheid en oorlogsmisdaden.