Eind 2003 droeg de Raad van State de ministers van Verkeer en Waterstaat en VROM op een nieuwe milieueffectrapportage (MER) op te stellen naar de groeiplannen van het vliegveld. Luchthaven Lelystad wilde in twee fases naar een volwaardig zakenvliegveld doorgroeien en vliegverkeer van Schiphol overnemen.

Na de uitspraak van het rechtscollege stelde het luchthavenbedrijf de plannen bij en verdween de tweede fase in de prullenmand. De luchthaven en de ministers vonden het daarop niet meer nodig een MER-onderzoek te doen naar het huidige vliegveld.

De Milieufederatie en de belangenvereniging stapten evenwel naar de Raad van State met de eis Luchthaven Lelystad en de overheid met een nieuwe uitspraak alsnog te dwingen een MER-onderzoek te doen. De milieuorganisatie betwijfelt of de huidige situatie op de luchthaven voldoet aan alle landelijke en Europese milieueisen.

Volgens de raadsman van Milieufederatie halen Luchthaven Lelystad en de overheid een truc uit om onder het MER-onderzoek uit te komen en de luchthaven toch te kunnen laten groeien. Daarnaast zouden de luchthaven en de provincie Flevoland al weer spreken over verlenging van de landingsbaan. Een woordvoerder van de luchthaven ontkent dat ten stelligste.

De Raad van State doet over enkele weken uitspraak.