03.23 uur: De leider werkplekbeveiliging van de aannemer neemt contact op met de treindienstleider van ProRail met het verzoek om de sporen naast de werkzaamheden kort buiten dienst te stellen zodat de kraan veilig kan oversteken. De treindienstleider antwoordt dat dit over 10 minuten mogelijk is. De leider werkplekbeveiliging zegt daarop een telefoontje van de treindienstleider af te wachten. Om onduidelijke redenen komt de kraan vervolgens te vroeg op of dichtbij het in dienst zijnde spoor en wordt aangereden door de goederentrein.

Na de aanrijding met de goederentrein komt de kraan terecht op het spoor waar de reizigerstrein van NS aan komt rijden. Ook deze botst hierop waarop de NS-trein ontspoort.

03.29 uur: Het Operationeel Besturingscentrum Infra (OBI) belt de treindienstleider met de melding dat meerdere bovenleidingsgroepen zijn uitgevallen. Gevraagd wordt of er nog treinverkeer is tussen Den Haag en Leiden.

03.31 uur: De Meldkamer Spoor belt de treindienstleider met de vraag of er een incident heeft plaatsgevonden bij Voorschoten. De treindienstleider antwoordt niet op de hoogte te zijn van een incident, maar dat hij wel een melding heeft ontvangen van het OBI dat bovenleidingspanning is weggevallen.

03.31 en 03.32 uur: De treindienstleider belt met de goederentrein, de passagierstrein en de trein die achter de goederentrein rijdt maar krijgt met geen van de machinisten contact.

03.34 uur: De machinist van de trein die achter de goederentrein rijdt, belt terug dat net voor Mariahoeve de spanning is weggevallen.

03.36 uur: De meldkamer spoor neemt opnieuw contact op met de treindienstleider. De meldkamer zegt dat de brandweer heeft vernomen dat een kraan is aangereden en dat de meldkamer NS meldt dat de NS-trein is ontspoord. Hulpdiensten rukken uit.