EvangélicoDigital omschrijft de Raad van Kerken als een oecumenisch platform dat „in de praktijk geheel onder controle van de Communistische Partij staat en alle protestantse kerken breidelt die het niet met haar politiek eens zijn.”

De pinksterkerk ICP, een van de vele op het eiland, motiveert de breuk met de grote tegenstelling tussen de doelen van de CIC en de Schriftopvatting van het kerkverband. Volgens de persdienst zouden de verleden jaar door de regering opgelegde onderwijsdoelen over „gender en seksuele rechten” de druppel zijn die de emmer van de kritiek deed overlopen.

Het is nog onbekend of de uitgetreden kerk ICP zich zal aansluiten bij een in 2019 opgerichte alternatief: het Verband van Protestantse Kerken in Cuba (AIEC). Volgens hun oprichtingsverklaring verplichten de zeven deelnemende kerken van het AIEC, voornamelijk van methodistische en pinkstersignatuur, zich de Bijbelse grondwaarheden hoog te houden.

Enkele grote kerken van gereformeerd belijden, zoals de Westelijke en de Oostelijke Baptistenconventie en Los Pinos Nuevos, zijn geen lid van de Cubaanse raad van kerken.