Het museum heeft te maken met stijgende lasten als een huurverhoging en hoge pensioenlasten. Door de huidige verbouwing en de nieuwe inrichting van het museum is het merendeel van de collectie niet te zien en loopt het bezoekersaantal terug. De inkomsten uit de museumwinkel zijn daadoor ook minder. Het totale tekort komt uit op 4 ton.

Volgens het Museum Catharijneconvent zijn de lasten de voorbije jaren vooral explosief toegenomen als gevolg van de pensioenlasten en de Arbo-wetgeving. Vanaf 2006 wordt het museum bovendien geconfronteerd met een huurverhoging van 90.000 euro per jaar. Dit is een bijdrage die het museum terugbetaalt aan de Rijksgebouwendienst na afloop van de nieuwe inrichting van het museum, die in 2006 klaar moet zijn.

De overheid kent Museum Catharijneconvent per beleidsperiode van vier jaar subsidie toe. Voor de jaren 2005 tot en met 2008 is er een subsidie beschikbaar van 3,5 miljoen euro per jaar. Dit bedrag is inclusief een korting van 2,5 procent die door de overheid is opgelegd aan alle voormalige rijksmusea. Door die korting kan het museum 75.000 euro per jaar minder dan beoogd besteden aan exposities en evenementen voor het publiek en aan de totale exploitatie.

Naast de inkomsten uit subsidies doet het museum verwoede pogingen om aanvullende externe financiering te vinden uit sponsoring, fondsenwerving en giften van particulieren. Dit blijkt in tijden van economische recessie echter moeilijk te realiseren. Ten gevolge van de huidige verbouwing en nieuwe inrichting van de vaste opstelling is het leeuwendeel van de collectie niet te zien. Daardoor kampt het Catharijneconvent logischerwijs met sterk teruglopende bezoekersaantallen en dus dalende inkomsten. Voor 2004 en 2005 betekent dit een verlies van circa 200.000 euro.

Toch zijn de verbouwing en herinrichting onvermijdelijk, omdat de inrichting van het museum sinds de opening in 1979 niet meer gemoderniseerd werd. Ondanks de ingrijpende bezuinigingen streeft het museum ernaar in 2006 de vernieuwde presentatie gereed te hebben. De directie van het museum zegt alles in het werk te stellen om de gevolgen van de onvermijdelijke reorganisatie tot een minimum te beperken. Ze zegt het aantal gedwongen ontslagen zo beperkt mogelijk te willen houden.