Hij volgt dr. H. C. Flohr op. Flohr blijft officiaal (rechter) van het bisdom en wordt parochiepriester. Bakker ontving in 1983 de priesterwijding. Hij was achtereenvolgens kapelaan in Den Haag, pastoor in ’s-Gravenzande en Hoek van Holland. Sinds 1994 is hij pastoor in Pijnacker en Nootdorp. Sinds 1994 is Bakker spirituaal (geestelijk leidsman) van Vronesteyn. Twee jaar geleden werd hij lid van het adviescollege van de bisschop.

Het bisdom Rotterdam kampt met een tekort aan priesters en medewerkers in het pastoraat. Bisschop Van Luyn heeft het roepingenwerk tot speerpunt van zijn beleid in 2002 gemaakt.