Na de eerste vrije verkiezingen in Zuid-Afrika in 1994 haakten de grootste subsidiegevers (de Rooms-Katholieke, Nederlandse Hervormde en Gereformeerde Kerken) af. Zij meenden dat Kairos als kerkelijke antiapartheidsbeweging zijn bestaansrecht had verloren, „hoewel er in de postapartheidsperiode nog zoveel problemen zijn op te lossen”, aldus Spinder.

Kairos kon het werk voortzetten dankzij een particuliere gift van 6 ton. De Zuid-Afrikaanse theoloog en antiapartheidsstrijder dr. C.F. Beyers Naudé, onder wiens invloed Kairos in 1970 was opgericht, reageerde toen verheugd op het nieuws dat de werkgroep haar „belangrijke werk van navorsing en beriggewing” kon voortzetten.

Kairos wijdde zich sindsdien aan projecten op het gebied van jeugd en criminaliteitsbestrijding in Zuid-Afrika, onderwijs en wetenschap, alsmede cultuur en geschiedenis. Die projecten, onder meer in opdracht van ministeries in Nederland en Zuid-Afrika, leverden geld op. Toch waren de inkomsten te onzeker om op den duur te kunnen blijven bestaan, aldus Spinder.