Veel westerse waarnemers denken dat als de huidige secretaris van de bisschoppensynode, bisschop Bishoi, patriarch wordt, de kerk wel eens uit elkaar zou kunnen vallen. Bisschop Bishoi heeft harde uitspraken gedaan over de charismatische pater Matta al-Meskeen (86), leider van het gezaghebbende Makarios-klooster in de Egyptische woestijn. Pater Matta zou niet recht in de leer zijn. Maar bisschop Bishoi legt het publiek niet uit waar de pijn precies zit. Hij heeft ook niet een bisschoppelijke commissie bijeengeroepen om de uitspraken van de priester te toetsen aan de leer van de kerk. Verschillende rooms-katholieke en protestantse leiders vinden dat bisschop Bishoi ook weinig soepelheid toont in zijn relaties met andere kerken.

De koptische auteur Kamal Zakher Mousa schreef onlangs dat pogingen worden gedaan om de procedure voor de keuze van een nieuwe patriarch te veranderen. Traditioneel kan alleen een monnik tot patriarch worden gewijd. Het klooster van Makarios steunt die visie. Anderen, onder wie patriarch Shenouda, vinden dat ook een bisschop die geen bisdom heeft maar een andersoortige taak in de kerk, tot patriarch moet kunnen worden gekozen. Ten slotte is er een groep van bisschoppen die vinden dat ook een bisschop met een bisdom tot patriarch gekozen moet kunnen worden.

Mousa geeft aan dat de veranderingen wel eens deze richting zouden kunnen opgaan en dat zou de weg kunnen openen voor bisschop Bishoi.

Patriarch Shenouda kwam in de jaren zeventig in aanvaring met de toenmalige president Sadat. Dat leidde tot een verheviging van de conflicten tussen moslims en christenen, die weer hebben geleid tot de verbanning van Shenouda naar zijn klooster in 1981. Veel koptische leiders, zoals een aantal bisschoppen en pater Matta, steunden dit presidentieel besluit. Zij meenden dat de houding van Shenouda mede aanleiding had gegeven tot veel bloedvergieten.

Shenouda kwam in 1985 weer terug, benoemde bisschop Bishoi tot secretaris van de bisschoppensynode en heeft vanaf dat moment steeds als er een bisschop overleed zijn bisdom gesplitst. Officieel heette het dat dit gebeurde om de bisschop dichter bij het kerkvolk te brengen. Maar deze kerkpolitiek had ook tot gevolg dat het aantal bisschoppen in de afgelopen twintig jaar is verviervoudigd, waardoor de macht van de patriarch ten opzichte van individuele bisschoppen is toegenomen. De huidige bisschoppen kenmerken zich door een grote loyaliteit aan de patriarch die ze heeft gewijd.

De kerkelijke canon schrijft voor dat de regels voor het kiezen van een nieuwe patriarch alleen tijdens het leven van de zittende patriarch kunnen worden veranderd. De canon laat nu geen keuze van een bisschop zonder bisdom toe. Als een bisschop met bisdom een kans wil maken, moeten de regels nu veranderd worden.

Monniken uit het klooster van Makarios veronderstellen dat daarom pogingen worden deze regelgeving te veranderen.

De Duitse onderzoeker dr. Otto Meinardus heeft reeds aangegeven dat de kerk in Egypte dicht tegen een schisma aan zit.