Bij zijn installatie eind 2001 weigerde Israël dat nog omdat Irineos te pro-Palestijns zou zijn. Een commissie onder leiding van minister van Buitenlandse Zaken Shalom heeft onderzoek gedaan naar de zaak en een positief oordeel uitgebracht over Irineos. Dat stond zondag in een verklaring van de regering. De kans is groot dat de Knesset, het Israëlische parlement, dit advies overneemt.

De kwestie heeft veel kwaad bloed gezet bij de Grieks-orthodoxen. De kerk heeft Israël ervan beschuldigd de godsdienstvrijheid te schenden en noemde het optreden een „onacceptabele inmenging.”

Onder een wet die in de zesde eeuw is ingevoerd door keizer Justinianus, heeft de regering van het Heilige Land het recht de benoeming goed te keuren of af te wijzen. In het geval van Irineos probeerde de Israëlische regering eerst zijn naam van de lijst van kandidaten af te krijgen. Toen dat niet lukte, volgde een boycot.

Zelf zei de patriarch bij zijn installatie: „Ik ben niet pro-Palestijns, niet pro-Israël, niet pro-wat dan ook, ik ben alleen pro-God.” Jordanië en de Palestijnse Autoriteit hebben zijn benoeming wel aanvaard.

De Grieks-orthodoxe kerk telt ongeveer 200 miljoen leden over de hele wereld. De kerk werd gesticht in het jaar 451. Het patriarchaat in het Heilige Land heeft veel bezittingen in Israël, de Westelijke Jordaanover en Jordanië.