Bij sommige kerksluitingen werd de bevoegdheid van de overheid betwijfeld. De overheid wees op een ministerieel besluit uit 2006 om correcte bouwvergunningen te hebben. Volgens kerkleden van een bepaalde kerk dateert het gebouw echter van voor dat jaartal.

Moslims hebben voor de sluitingen vaak gedemonstreerd. Zij laakten dat christenen konden samenkomen in kleine gebouwen die geen merktekenen van kerken dragen, zoals een kruis op de gevel. Volgens moslims omzeilden christenen zo de wetgeving van de autoriteiten. Door het overheidsingrijpen zijn nu 16 van deze gebouwen gesloten. Protest door Indonesische christenen mocht niet baten.

Atjeh, gelegen op de noordwestelijke punt van het eiland Sumatra, is de enige provincie van Indonesië waar regionaal de islamitische shariawetten gelden. Het gebied werd zwaar getroffen door de tsunami van 2004.