Ze kreeg de straf ook wegens het aanzetten tot verkrachtingen in Butare in het zuiden van het land. Tijdens de massamoorden, waarbij extremistische Hutu’s de Tutsi-minderheid poogden uit te roeien, heeft Nyiramasuhuko een leidende functie gespeeld bij de misleiding van en moord op Tutsi’s. Ze moedigde daarbij de moordenaars aan vrouwen te verkrachten alvorens ze te doden.

Ze werd in juli 1997 in Kenia gearresteerd. Het proces, waarbij ook vier anderen inclusief een zoon van Nyiramasuhuko werden aangeklaagd, liep sinds 2001.