Comblin, in Brussel geboren, werd in 1947 tot priester gewijd. Hij ging in 1958 als missionaris naar Brazilië, waar hij zich vestigde in de deelstaat Sao Paulo. Hij hield zich daar vooral met katholiek jeugdwerk bezig. Comblin werd een van de medestanders en adviseurs van de in 1999 overleden Braziliaanse aartsbisschop Helder Camara, een prominent strijder voor bescherming van de mensenrechten en de rechten van de armen en landloze boeren.

In 1971 zette het militaire bewind hem Brazilië uit. Comblin ging naar Chili, waar hij in de plaats Talca een priesteropleiding stichtte. Na een boek over de ideologie van de nationale veiligheid, waarop de militaire regimes in Latijns-Amerika zich baseerden, moest hij Chili op last van dictator Augusto Pinochet verlaten. Hij ging op een toeristenvisum terug naar Brazilië. In 1979 profiteerde hij daar van een amnestieregeling.

Comblin schreef onder meer Theologie van de vrede deel 1 en 2 (1960-1963) en Theologie van de stad (1968).

In de bevrijdingstheologie staat de bevrijding van sociale onderdrukking, slavernij, ongelijkheid en economische ongerechtigheid centraal. Zij staat zeer kritisch tegenover de gevestigde orde. Het Vaticaan heeft de bevrijdingstheologie en de ideeën van een aantal bevrijdingstheologen, onder wie de jezuïet Jon Sobrino en de Braziliaan Leonardo Boff, veroordeeld.