De Egyptische ambassade is alleen protocollair bij het bezoek betrokken, maar heeft verder niets te maken met de organisatie, die volledig in handen van de kerk is.

De kerk in Egypte is het regelmatig publiekelijk oneens met de staat. Daarnaast bekritiseren moslim- en christenleiders elkaars geloof. Verschillen worden daarbij vaak breed uitgemeten in Egyptische media, maar niet altijd correct weergegeven.

Een rechter deed recent een uitspraak in de al jaren slepende echtscheidingsprocedure van de koptische actrice Hala Sidqi en verklaarde haar huwelijk voor ontbonden. De koptisch-orthodoxe paus Shenuda III, die fel is gekant tegen echtscheidingen, zei aan de gerechtelijke uitspraak geen boodschap te hebben.

Priesters, predikanten en sjeiks functioneren in Egypte als ambtenaar van de burgerlijke stand. De huwelijken die door hen worden gesloten, worden door de staat erkend als het om leden van dezelfde godsdienstige richting gaat. Bij gemengde huwelijken is dit gecompliceerd en kunnen er problemen ontstaan.

Egyptische media beweren dat de koptisch-orthodoxe bisschop Bishoi, sinds vele jaren secretaris van de synode van zijn kerk, onlangs heeft verklaard dat moslims gasten in het land zijn. Moslims reageerden verontwaardigd, omdat daarmee wordt aangegeven dat zij niet als volwaardige burgers van Egypte worden gezien. De koptische paus betwijfelt echter of bisschop Bishoi deze uitspraken werkelijk heeft gedaan. De bisschop zei wel in een besloten bijeenkomst dat volgens hem sommige verzen in de Koran die kritisch over christenen zijn, niet tot de oorspronkelijke tekst van het voor moslims heilige boek behoren. De koptische paus bood daarvoor zijn excuses aan; hij vindt dat godsdienstige leiders zich niet moeten inlaten met tekstkritiek op de heilige boeken van andere religies. Commentaar op heilige boeken is in het zeer godsdienstige Egypte voortdurend een bron van wrijving. Niet alleen christenen, maar ook moslims maken zich daaraan schuldig. Dit leidt tot irritatie over en weer.

De oorzaak van de spanningen tussen moslims en christenen ligt in het ontbreken van een scheiding tussen godsdienst en staat en van autonoom optreden van de koptische kerkleiding. Daarnaast manoeuvreren de Egyptische autoriteiten tussen enerzijds politieke leiders die graag zien dat het land zich als seculiere staat ontwikkelt en anderzijds stromingen die vinden dat rekening gehouden moet worden met sterke islamitische sentimenten.