Magee, bisschop van Cloyne, wordt ervan beschuldigd dat hij niet adequaat heeft gereageerd op berichten over seksueel misbruik van kinderen door twee priesters in zijn bisdom. De 73-jarige Magee is eerder persoonlijk secretaris geweest van de pausen Paulus VI, Johannes Paulus I en Johannes Paulus II.De bisschop diende in maart 2009 een ontslagverzoek in. Hij deed dat naar aanleiding van een onderzoeksrapport, waarin hij werd beticht van nalatigheid in de zaak van de twee pedofiele priesters. Woensdag vroeg Magee de misbruikslachtoffers in een verklaring om vergeving. Ook bood hij zijn „oprechte verontschuldigingen" aan.

Het onderzoek uit 2008 wees uit dat twee priesters in het bisdom in het zuiden van Ierland jarenlang seksuele relaties hadden onderhouden met kinderen en vrouwen. Een vrouw stelde volgens de Britse omroep BBC dat ze vanaf haar dertiende seks had gehad met een van de priesters. Een andere priester onderhield een relatie met een vrouw, die stelde dat ze de geestelijke had betrapt terwijl hij zoende met haar 14-jarige zoon.

De leidinggevenden binnen het bisdom Cloyne hebben de belangen van daders van seksueel misbruik volgens de opstellers van het rapport gesteld boven die van hun slachtoffers. Ook zouden Magee en andere leidinggevenden niet of onvoldoende hebben opgetreden tegen geestelijken tegen wie serieuze verdenkingen van seksueel misbruik bestonden.