In het gebouw is het hoofdbureau gevestigd van de Verenigde Protestantse Kerk in België (VPKB). Ook de ARPE (Administratieve Raad van Protestants-evangelische Erediensten), het protestantse gespreksorgaan met de Belgische overheid, heeft er kantoorruimte.Het Huis van het Protestantisme huisvest daarnaast de burelen van diverse protestantse organisaties, zowel Nederlandstalige als Franstalige. Op de benedenverdieping is een gemeente van de zevendedagsadventisten gevestigd.

Gelijktijdig met de verhuizing naar het Huis van het Protestantisme heeft de VPKB een nieuw logo gepresenteerd. In het nieuwe beeldmerk zijn een duif en een kruis geïntegreerd zoals in het hugenotenkruis. Het logo „drukt verbondenheid uit met de protestantse traditie”, zo meldt het blad Kerkmozaïek van de VPKB in het oktobernummer.

De VPKB telt in totaal 50.000 leden, verspreid over ruim honderd gemeenten in zowel het Nederlandstalige, het Franstalige als het Duitstalige deel van België.

Een dag na de officiële opening van het Huis van het Protestantisme, op Hervormingsdag, is er een open dag voor het publiek.