Nissen kiest voor de Radboud Universiteit omdat daar „een bredere traditie en context van verschillende wetenschappelijke disciplines bestaat voor zijn wetenschappelijk werk dan in Tilburg". „Voor zijn cultuurhistorische en religiehistorische belangstelling zijn in Nijmegen meer gesprekspartners aanwezig", aldus de universiteit woensdag. Daardoor biedt Nijmegen hem meer mogelijkheden om samen te werken met anderen.De hoogleraar buigt zich vanaf september over de geschiedenis van de verschillende vormen van religiebeleving in de westerse samenleving en met hun culturele expressies. Daarbij richt hij zich niet alleen op de klassieke religies, maar ook op geloofsvormen als spiritualiteit.

Nissen is een geliefde gast in radio– en televisieprogramma’s. Hij leverde bijvoorbeeld commentaar na de dood van paus Johannes Paulus II en de verkiezing van Benedictus XVI in april 2005. Vorige week reageerde hij kritisch op de benoeming van Wim Eijk tot aartsbisschop van Utrecht.

Nissen vervult talrijke adviesfuncties op het gebied van wetenschap, kerk, universiteit, cultuurgeschiedenis en letteren. Hij zat zes jaar namens de pauselijke raad voor de bevordering van de eenheid onder de christenen in een commissie die zich met de dialoog met de doopsgezinden bezighield.

In 2007 werd bekend dat de bisschoppen zijn benoeming tot voorzitter van de Katholieke Vereniging voor Oecumene St. Willibrord en St. Athanasius hadden tegengehouden. Mogelijk had dat besluit te maken met de weigering van de theologische faculteit in Nijmegen om mee te doen aan de nieuwe Katholieke Theologische Faculteit. Nissen was toen decaan van de Nijmeegse faculteit.