De Koepel met de Rots is gebouwd op de rots waar volgens Joodse historici ooit de tempel stond. Volgens moslims staat de Rotskoepel op de plaats vanwaar de profeet Mohammed zijn nachtelijke hemelreis (isra) zou hebben gemaakt.De paus herinnerde eraan dat de aartsvader Abraham door zowel joden als moslims en christenen wordt geëerd en dat Jeruzalem voor de aanhangers van alle drie religies een heilige plaats is. Grootmoefti Mohammed Hussein riep de paus op mee te werken aan de stopzetting van de Israëlische „agressie” tegen Palestijnen.

Na zijn bezoek aan de Koepel van de Rots ging de paus naar de nabijgelegen Klaagmuur, restant van de tweede tempel van Jeruzalem, die in de eerste eeuw voor Christus werd gebouwd. De paus bad bij de muur. In navolging van veel Joden en zijn voorganger, paus Johannes Paulus II tijdens diens bezoek in 2000, deed Benedictus een briefje met een gebed in een scheur van het bouwwerk. Voordat Benedictus het briefje in de muur stak, las hij Psalm 121, waarin wordt gebeden voor vrede voor Jeruzalem.

Maandag bezocht de paus het monument Yad Vashem. Zijn toespraak daar leidde tot kritiek van vooraanstaande Israëli’s. De kerkleider liet volgens hen de kans liggen om persoonlijk schuldbelijdenis te doen voor het leed dat Joden in de Tweede Wereldoorlog is aangedaan. De toon van zijn toespraak zou te afstandelijk geweest zijn en miste empathie, aldus de voorzitter van Yad Vashem, rabbijn Meir Lau.