Na zijn theologiestudie was hij eerst hervormd vicarus te Den Haag (1953). In 1954 werd hij hervormd predikant te Terhorne. In 1958 werd hij doopsgezind predikant te Blokzijl. Daarna was hij leraar maatschappijleer en godsdienst te Goes (1964), docent aan de Pedagogische Academie Middelburg (1973), docent aan het Doopsgezind Seminarium (1991) en docent voor de cursus Doperse Theologie (1991). Hij ging in 2003 met emeritaat. Ds. Van Duin werd gezien als een van de toonaangevende doopsgezinde theologen van de twintigste eeuw.