De geplande sloop werd met een maand uitgesteld, omdat bij het strippen van het gebouw asbest was ontdekt. Nu een specialistisch bedrijf dat heeft verwijderd, moet het 128 jaar oude en karakteristieke stationsgebouw van Alphen er toch aan geloven.Het gebouw gaat tegen de vlakte, omdat het moet plaatsmaken voor een modern openbaarvervoersknooppunt met een brede fiets- en voetgangerstunnel onder de sporen, een nieuwe fietsenstalling en een busstation. Verder komen er in de Alphense stationsomgeving kantoren en appartementen.

Hoewel het Alphense station beeldbepalend is, kreeg het geen plaats op de monumentenlijst. Veel inwoners van Alphen wilden dat echter wel. De laatste tijd is het gebouw meermalen beklad met teksten zoals ”Nog heel even genieten” en de Latijnse spreuk ”Morituri te salutant” (Zij die gaan sterven, groeten u).